深圳华南城距深圳中心区仅20公里，东接惠州、南靠香港、西北与全世界工厂最为集中、制造业十分发达的珠三角广阔腹地相连。铁路方面，京九线、广九线穿基地而过，平盐线、平南线在基地内与京九线接轨，日编组能力8000车次的平湖南铁路编组站位于基地中心；海运方面，盐田国际中转港、蛇口集装箱港经此两线辐射国内外；公路方面，清平、南坪、莞深、机荷高速公路等在基地周围纵横交错，东接惠盐、深汕高速公路至惠州、汕头，西至宝安、观澜、龙华直通广深高速公路，南接深圳市区，北连东莞，把基地与港口、机场紧紧连在一起。通过陆路交通，平湖物流基地与全球第二繁忙的港口——香港葵青货柜码头、全球第四繁忙的盐田港及珠三角、香港及澳门等六大机场紧密相连，形成畅通世界的海陆空立体交通网络。